В 1635 году его возвел царь Михаил Федорович в память о предке Патриархе Филарете, который скончался в праздник Покрова Пресвятой Богородицы.
Монастырь был построен на месте бывшего кладбища бездомных странников. Места эти получили название Убогих домов. Обычно зимой выкапывали огромную яму и клали туда всех неопознанных умерших странников, а также тех, «которые вина обопьются, зарежутся, утонут или какое другое дурное дело над собой учинят». Клали умерших без отпевания. А месяца через три-четыре закапывали и строили над ямой Божий дом, получивший название Убогого. Говорят, что здесь пытались захоронить и Лжедмитрия, да труп его не прошел через ворота убогого дома, и был брошен в яму выкопанную рядом. И все это время, что он лежал там, происходили странные вещи, труп его то исчезал, то появлялся в разных местах. События эти навели такой страх на население, что был издан приказ сжечь его тело и выпалить из пушки в ту сторону, откуда он пришел. С 1548 года церковь постановила на Троицыну субботу поминать таких грешников.
Достраивал монастырь царь Алексеем Михайловичем на средства от аренды землевладений. Поэтому его называют «комнатным»
В 1655 здесь возвели каменный монастырский собор, заново отстроенный в 1806-1814 годах. В 18 веке церковь Воскресения Словущего и 30-метровую трехъярусную колокольню. А уже в 19 веке, его преобразовали в Покровский миссионерский монастырь. Здесь был создан институт для монахов, желающих посвятить себя просветительству.
В 1920 году монастырь был закрыт. И лишь в 1994 его вернули в пользование Православной церкви.
